Le début des années soixante a été sans doute l’heure de gloire de la marque Thunderbird. Il n’y avait toutefois rien de draconien dans le dessin de la troisième génération de Thunderbird, qui avait débuté en 1961. Les changements substantiels ayant été apportés aux modèles 1958 — 60, les modèles 1961 — 63 ont donc été correctement conçus, bien étudiés et bien dessinés.
Deux prototypes ont été construits, un par le stylicien Elwood Engel et l’autre par Bill Boyer. Ces deux derniers avaient conduit leur équipe de styliciens à concevoir un prototype aux lignes ciselées et angulaires, pour l’équipe de Engel, arrondies et allongées pour l’équipe de Boyer. Le prototype de Engel est devenu la Lincoln Continental 1961, alors que celui de Boyer, dont le dessin avait été inspiré par le fuselage des avions, avec ses immenses feux arrière rappelant les tuyères d’un avion de chasse était devenu la Thunderbird. Boyer a déclaré plus tard, aux journalistes, que son équipe désirait donner un air de jeunesse à la voiture, en lui donnant la forme d’un avion et d’un missile. La Continental et la Thunderbird avaient toutefois beaucoup de traits communs. Les deux avaient des parechocs intégrés à leur calandre. Il existait beaucoup de similarités au niveau de leur parebrise et de leurs glaces latérales, les deux avaient une carrosserie monocoque et les deux étaient assemblées, côte à côte, à l’usine de Wixom, Michigan, où étaient déjà construites les Thunderbird 1958 — 60. Les deux étaient construites selon la même méthode. La structure avant et la structure arrière se rejoignaient sur la chaine de montage, pour être soudées l’une à l’autre, à la hauteur de leur auvent. Comme leur structure était de dimensions similaires, des économies d’échelle étaient réalisées.
Sous cette nouvelle carrosserie, se retrouvait un nouveau châssis, avec une nouvelle suspension, dont les encrages en caoutchouc permettaient aux roues de bouger autant de l’avant vers l’arrière que de haut en bas. La suspension arrière avait également été révisée, alors que la servodirection voyait son rapport diminué à seulement 3,5 tours d’une butée à l’autre. Le servofrein était fourni en équipement de base, alors que la surface des garnitures de frein avait été augmentée. La motorisation attitrée était le 390 p.c., un descendant du 352 p.c. de la famille FE de Ford. Son couple avait été augmenté à 427 livres/pied à 2 800 tr/min, alors qu’il n’était que de 381 livres/pied, en 1960. Une Thunderbird 1961 était capable de faire de 0 à 60 m/h en 10,5 secondes et de grimper à 115 m/h.
Le stylicien responsable des intérieurs était Arthur Querfeld. Ce dernier avait consacré plus de temps à la conception de la Thunderbird 1961 qu’il n’en avait pris pour n’importe lequel autre modèle, au cours des quarante ans qu’il avait travaillés chez Ford. Ce que Querfeld voulait, était d’adopter deux concepts différents pour les intérieurs; un pour l’avant de l’habitacle, l’autre pour l’arrière. Pour l’avant, il avait choisi de séparer l’espace occupé par le conducteur et le passager par l’ajout d’une console. Cette dernière, plutôt imposante, s’intégrait à la planche de bord, pour rejoindre les portières et revenir vers l’arrière. Il éliminait ainsi le traditionnel coffre à gants, afin d’éviter d’avoir des coupures sur la surface gracieuse du panneau avant. Un petit coffre à gant se retrouvait au centre de la console. Une autre nouveauté apparaissait sur la Thunderbird 1961; le volant ajustable, une invention de Stuart Fry, ingénieur chez Ford. Le volant est placé sur un rail situé à l’arrière du tableau de bord, qui lui permettait de se déplacer horizontalement vers l’intérieur, facilitant ainsi les entrées et sorties de la voiture.
La Thunderbird 1961 a connu un grand succès. Quand la série exclusive, destinée à souligner le cinquantième anniversaire de la piste de course Indy 500, fut mise sur le marché, au mois de mai 1961, plus de 50 000 exemplaires s’étaient déjà trouvé un garage accueillant. À la fin de l’année, les ventes se chiffraient à 73 051. De ce nombre, 10 516 étaient des décapotables.
Quand les modèles 1962 furent arrivés chez les concessionnaires, l’offre s’était enrichie de deux nouveaux modèles. L’un des plus importants a été le Sport Roadster. C’était une décapotable avec des roues de broche Kelsey-Hayes, un tonneau de fibre de verre qui recouvrait complètement la banquette arrière, se terminant par deux appuis-tête situés derrière le dossier des sièges baquets du conducteur et du passager avant. Ce tonneau n’était pas très pratique, il occupait la place des passagers arrière, il prenait beaucoup de place dans le garage, quand il était enlevé. Par contre, il donnait beaucoup d’allure et de prestige à la voiture. Voilà pourquoi, aujourd’hui cette voiture est tellement recherchée par les collectionneurs. Le deuxième nouveau modèle fut la Landau. Ce modèle est une coupée à laquelle ont avait ajouté un toit de vinyle et des landaus sur les panneaux de custode. Ce modèle avait été concocté pour visiblement rehausser l’image de la Thunderbird, en tant que voiture luxueuse. Les changements communs à toutes les Thunderbird 1962 étaient ; une nouvelle calandre, de nouvelles garnitures, de nouveaux feux arrière, un frein d’urgence manuel, le volant ajustable et d’autres petits changements à l’intérieur. À part un silencieux ,qui avait été aluminisé, un nouveau maitre-cylindre et l’ajout d’insonorisant, très peu de changements y avaient été apportés. Une nouvelle version du moteur 390 était offerte en option, à 242, $. Il avait une puissance de 340 ch, étant alimenté par trois carburateurs deux corps. Son nom de code était M-Serie. Avec ce moteur, une Thunderbird faisait le 0 -60 m/h en 8,5 secondes, avec une vitesse maximale de 120 m/h. La plupart de ces moteurs M-Serie ont été utilisés pour motoriser les Sports Roadsters, 120 en 1962 et 37 en 1963.
Après une autre année bien remplie avec des ventes de plus de 78 000, chez Ford, ont n’apporta que quelques changements esthétiques sur les modèles 1963. Ces modifications étaient une moulure dans la tôle des ailes avant et des portières, un nouveau lettrage sur les ailes arrière et une calandre avec des barres verticales. À l’intérieur, les portières avaient des lumières d’accueil et une nouvelle radio AM/FM, avec des boutons poussoirs. La Thunderbird Landau pouvait être commandée avec un toit noir, blanc, bleu ou brun, alors que ses garnitures intérieures et son volant étaient de simili noyer. Les prix de vente plutôt costauds de la décapotable à 7 407, $ ont fait que seulement 5 913 exemplaires ont trouvé preneur, tout comme celui de la Sport Roadster à 8 399, $ avait maintenu le nombre à seulement 455 exemplaires de vendus. C’était la dernière année que la Sport Roadster avait été présentée en tant que modèle distinct.
En janvier, Ford construisit 2 000 Limited Edition Landau, que la compagnie présenta au public à Monaco. Ces modèles sont devenus connus sous le nom de Princesse Grace ou simplement Monaco. Elles avaient comme particularité d’être de couleur blanc corinthien, avec un toit de vinyle de couleur rose, un volant blanc, alors que les garnitures intérieures étaient en simili bois de rose. Les landaus étaient de couleur pâle. Les enjoliveurs de roues étaient de type compétition. Cette Thunderbird se vendait 200, $ de plus que la Landau de série. Aujourd’hui, elle est très recherchée par les collectionneurs.